百日咳杆菌属革兰阴性杆菌，对外界抵抗力弱，离开人体后不易生存，日光曝晒1小时即死亡，对一般消毒剂敏感。

百日咳杆菌侵入呼吸道后，局部繁殖并产生多种毒素，引起广泛炎症，黏液分泌增多，不易排除，以致黏液刺激呼吸道神经末梢，反射性引起剧烈、连续的痉挛性咳嗽；痉咳时患儿处于呼气状态，同时声门痉挛，痉咳停止时吸入大量气体快速通过痉挛的声门发出高调鸡鸣样吼声。

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